Comparison of Cumulus Cells Preparation among Diminished Ovarian Reserved and Normal Ovarian Reserved Women for RNA Extraction and Review of Literature

RNA Extraction of Cumulus Cells NOR versus DOR
Vol. 20 No. 2 : 2025 (525-545)

Mohd Faizal Ahmad Mohd Faizal Ahmad
Marjanu Hikmah Elias Marjanu Hikmah Elias
Norazilah Mat Jin Norazilah Mat Jin
 Muhammad Azrai Abu Muhammad Azrai Abu
Saiful Effendi Syafruddin Saiful Effendi Syafruddin
Ani Amelia Zainuddin Ani Amelia Zainuddin
Shamsul Azhar Shah Shamsul Azhar Shah
Nao Suzuki Nao Suzuki
Abdul Kadir Abdul Karim Abdul Kadir Abdul Karim

Abstract
Our study aims to consolidate appropriate cumulus cells (CCs) collection methods by comparing sample handling obtained from diminished ovarian reserved (DOR) and normal ovarian reserved (NOR) women, aiming for a good yield of ribonucleic acid (RNA) for better gene expression analysis. We compared the sample collection by mechanical versus enzymatic method, standard rotor-stator homogeniser (RSH) versus disposable easy grind homogeniser for sample preparation technique and subsequently the cDNA synthesis and qPCR for final evaluation. We also conducted a systematic review to consolidate our findings with current evidence of RNA extraction technique. The optimal strategy was via mechanical denudation without an enzymatic process, followed by RNA stabiliser prior to RNA extraction. Subsequently, utilising a manual pressure control with filter, is paramount for a pure and homogenised sample and comparable for both NOR and DOR women CCs. These sample preparation and extraction techniques yielded an optimum RNA concentration and successful gene expression analysis. Our review also added value as a current strategy for optimising RNA extraction in CCs for experimental studies. Our findings contribute to formulating a better strategy for optimising RNA extraction in human CCs for transcriptomic studies.
Keywords : Cumulus cells; diminished ovarian reserved; gene analysis; RNA extraction; RNA stabiliser,
Abstrak
Kajian ini bertujuan untuk menentukan kaedah pengumpulan sel kumulus (CC) yang lebih sesuai dengan membandingkan pengendalian sampel yang diperoleh daripada wanita dengan rizab ovari yang berkurang (DOR) dan rizab ovari normal (NOR). Ini bertujuan untuk mendapatkan hasil ribonukleik asid (RNA) yang optimum bagi membolehkan analisis ekspresi gen yang lebih baik. Kami membandingkan pengumpulan sampel melalui kaedah mekanikal dengan enzimatik, “standard rotor-stator homogeniser” (RSH) dengan “disposable easy grind homogeniser" untuk teknik penyediaan sampel dan seterusnya proses penghasilan cDNA dan penilaian qPCR untuk keputusan terakhir. Kami juga turut menjalankan kajian sistematik untuk menyatukan penemuan kami dengan bukti terkini mengenai teknik pengekstrakan RNA. Hasilnya, strategi optimum adalah melalui denudasi mekanikal tanpa proses enzimatik, diikuti oleh penggunaan media bersifat penstabilan RNA sebelum pengekstrakan RNA. Selepas itu, penggunaan kawalan tekanan manual dengan penapis, adalah penting untuk penghasilan sampel tulen dan sekata serta setanding di antara sel kumulus wanita NOR dan DOR. Teknik penyediaan dan pengekstrakan sampel ini menghasilkan jumlah RNA yang optimum dan analisis ekspresi gen yang berjaya. Berdasarkan hasil kajian, ia dapat menambah nilai sebagai strategi semasa untuk mengoptimumkan pengekstrakan RNA dalam sel kumulus untuk kajian eksperimen. Secara kesimpulannya, penemuan kami menyumbang dalam merumuskan strategi yang lebih baik untuk mengoptimumkan pengekstrakan RNA dalam CC manusia untuk kajian transkriptik dan genomic asas.
Kata Kunci : Analisis gen; pengekstrakan RNA; penstabil RNA; rizab ovari berkurangan; sel cumulus,



This showed oocytes denudation process. (A) Cumulus Oocytes Complex prepared for mechanical denudation without enzyme; (B) Cumulus Oocytes Complex enzymolysed in hyaluronidase; (C) “Naked” oocytes following enzymolysed in hyaluronidase – clean edge; (D) “Naked” oocytes following mechanical denudation – minimal cumulus cell at the edge