SyBr Green Real-Time PCR is a Useful Method in Screening for High Risk Human Papilloma Virus Types 16 and 18 in Neoplastic Cervical Cancer

Vol. 6 No. 1 : 2011 (59-67)

Nor Rizan K Nor Rizan K
Abdul Manaf A Abdul Manaf A
Sabariah AR Sabariah AR
Siti Aishah MA Siti Aishah MA
Noorjahan Banu MA Noorjahan Banu MA
Zubaidah Z Zubaidah Z

Abstract
Human  papillomavirus  (HPV)  plays  an  important  role  in  the  pathogenesis  of  cervical cancer. HPV has been found in 99.7% of cervical cancers worldwide. In Malaysia, it is the second most common cancer among women in all major ethnic groups. The main purpose of this study was to establish the method of SyBrGreen Real-Time PCR and apply it for identification of multiple infections of the two high risk HPV subtypes. In this study,  57  positive  samples  for  HPV  16  and  HPV  18  were  used  to  establish  a  simple and sensitive method to detect and identify HPV infection in the cervical neoplasia at different stages of the disease by using real-time ABICycler SyBrGreen 1 technology. The results showed 67 HPV genomes in 57 samples. HPV 16 genome was detected in 55/67  (82%)  cases  while  HPV  18  was  detected  in  8/67  (12%)  cases  with  4  cases showing  multiple infections of HPV 16 and HPV  18.  HPV 16  was  the  most prevalent followed  by  HPV  18.  Using  SyBr  Green  Real-Time  PCR  techniques,  the  results showed that DNA melting curve for HPV 16 had a peak around 80.2ºC and Ct value of 20 cycles whereas the DNA melting curve for HPV 18 around 79.2ºC and Ct  value of 22 cycles. In conclusion, a SyBr Green  Real-Time PCR method has the potential for clinical  usage  in  detection  and  identification  of  HPV  infection  in  cervical  neoplasia  at different stages of the disease.
Keywords : cervical cancer, human papillomavirus, Reverse Transcriptase-PCR, SyBr Green Real-Time PCR,
Abstrak
Virus papiloma manusia (HPV) memainkan peranan penting dalam patogenesis kanser servik. Di seluruh dunia, HPV telah dikesan dalam 99.7% kanser servik. Tujuan utama kajian ini ialah untuk membangunkan kaedah SyBrGreen Real-Time PCR (Tindakbalas Berantai Polymerase-Masa Sebenar SyBrGreen) dan seterusnya menggunakan kaedah ini untuk mengenalpasti jangkitan pelbagai bagi dua jenis subtip HPV risiko tinggi. Lima puluh  tujuh  sampel  positif  dari  ujian  TS-PCR  (Tindakbalas  Berantai  Polymerase-Jenis Spesifik) diuji untuk mengesan prevalen genotip HPV risiko tinggi, HPV 16 dan HPV 18. Oleh kerana wujudnya jangkitan pelbagai, keputusan menunjukkan terdapat 67 genom HPV di dalam 57 sampel positif yang dikaji. Genom HPV 16 telah dikesan pada 55/67 (82%) kes, genom HPV 18 pada 8/67 (12%) kes dan 4 kes adalah jangkitan pelbagai. HPV  16 adalah lebih prevalen,  diikuti  oleh HPV  18. Keputusan  menunjukkan  graf pencairan DNA bagi HPV 16 adalah pada suhu puncak 80.4ºC dan nilai C (Cycle threshold) bagi produk spesifik HPV 16 adalah pada pusingan ke 20. Manakala graf pencairan DNA bagi HPV 18 adalah pada suhu puncak 79.4ºC dan nilai C  bagi produk spesifik HPV 18 adalah pada pusingan ke 22. Sebagai kesimpulan, kaedah Tindakbalas Berantai  Polimerase-Masa  Sebenar  SyBrGreen  mempunyai  potensi  klinikal  dalam penyaringan awal, pengesanan dan pengenalpastian jangkitan oleh pelbagai-jenis HPV bagi peringkat-peringkat yang berbeza dalam pesakit-pesakit kanser servik.
Kata Kunci : kanser servik, tindakbalas berantai polymerase-transcriptase berbalik, tindakbalas berantai polimerase-masa sebenar SyBrGreen, virus papiloma manusia,

Correspondance Address
Nor Rizan Kamaluddin, Haematology Unit, Cancer Research Centre, Institute for Medical Research, Jalan Pahang, 50588 Kuala Lumpur. Tel: 03-26162723 Fax: 03-40411513 Email: norizan@imr.gov.my